NGS (Next Generation Sequencing)

Sekvenování nové generace („next generation sequencing“) je průlomová metoda, která umožňuje v poměrně krátkém čase přečíst obrovské množství genetických sekvencí. Je možné vyšetřovat kompletně celý lidský genom (tzv.„whole-genome sequencing“) , což je však v současnosti používáno spíše výzkumně. Jednodušší alternativou je tzv. exomová sekvenace ( „whole-exome sequencing“, WES), při které jsou sekvenovány kódující sekvence více než 20 tisíců genů. WES je převážně je cíleno na exony genů, ale dává informaci i o přilehlých oblastech intronů, kde se nachazí většina mutací poškozujících sestřih RNA. Tato metoda šetří finance a počítačovou kapacitu a má velkou výtěžnost, protože většina mutací způsobujících onemocnění je lokalizována právě v v těchto oblastech. Dalším zjednodušením je sekvenace vybraných panelů genů (desítky až stovky). Panely opět šetří kapacitu přístrojů, vybrané geny lze tak sekvenovat s větším pokrytím, což umožňuje např. lepší detekci somatických mutací. Další výhodou omezeného panelu genů je to, že zde nehrozí situace náhodných nálezů v genech nesouvisejících s původním onemocněním (např. geny predisponující k nádorovým nebo neurologickým onemocněním). Hlavní nevýhodou sestavení panelů je v současné době to, že neustále přibývají nově popsané geny, a jejich přidávání do stávajících panelů je finančně velmi náročné. U nezanedbatelného množství pacientů navíc NGS nalezne kausální mutace v genech, které jsou zcela neočekávané vzhledem k pozorovanému fenotypu pacienta.

Metody NGS prodělávají v současnosti velmi bouřlivý vývoj a odhad jejich využití v budoucnu je proto velmi obtížný. Očekáváme, že v příštích několika letech by mělo dojít k definování panelu několika set genů asociovaných s imunodeficity a imunitní dysregulací, které budou primárně vyšetřovány. Teprve u pacientů bez nalezené mutace v těchto genech by pak měla být prováděna celoexomová nebo celogenomová sekvenace.

Současné možnosti vyšetření pomocí NGS

V současné době provádíme vyšetření pomocí celoexomové sekvenace v rámci výzkumných projektů u pacientů s imunodeficitem bez známé genetické příčiny na přístroji NextSeq500 na dvou pracovištích: v Praze (CLIP, Klinika dětské hematologie a onkologie 2. LF UK a FN Motol, dr. Froňková) a v Brně (Genetická laboratoř), Centrum kardiovaskulární chirurgie, doc. Freiberger). Pacienti jsou indikováni k NGS vyšetření po konzultaci s klinickým genetikem na Ústavu imunologie 2. LF UK a FN Motol v Praze (prof. Šedivá) a na Ústavu klinické imunologie a alergologie lékařské fakulty Masarykovy univerzity v Brně (prof. Litzman).